A partir de 1640, la guerra contra Portugal implicó para España la pérdida de las fuentes de aprovisionamiento en mano de obra esclavizada en África. La crisis fue utilizada por Holanda para convertirse en una potencia colonial y marítima que controló el tráfico negrero. Entre 1640 y 1662, el flujo de esclavos destinados a América se paralizó. El gobernador de Cartagena, Pedro Zapata de Mendoza, escribía a la metrópoli el 23 de febrero de 1648: "Desde hace siete años no llegan esclavos bozales".

La afirmación del gobernador de Cartagena se refería de manera directa al tráfico oficial, pues al parecer los holandeses introducían a los esclavizados de manera ilegal para evitar el pago de los impuestos que debían al rey de España. A partir de 1680, se empezaron a explotar las minas de oro en el Chocó. Los terratenientes y comerciantes empezaron a introducir cuadrillas para explotar el oro de las antiguas provincias de Nóvita y Citará. La provincia de Nóvita comprendía las cuencas de los ríos San Juan y Baudó, y la de Citará se extendía a lo largo del río Atrato. Las cuadrillas eran grupos de trabajadores cautivos destinados a explotar el oro de estos ríos. Los grupos podían tener entre 50 y 500 personas cuyo trabajo y precio sustentaban el poder de unas pocas familias.

Entre 1640 y 1703, cuando el tráfico negrero estuvo en manos de los holandeses, la isla de Curazao se convirtió en la principal fuente de aprovisionamiento para los amos del continente. Entre 1663 y 1671 se introdujeron 5.508 piezas de indias. A partir de 1663 se produjeron cambios técnicos en el comercio negrero. Uno de ellos tenía que ver con que el sistema de regulación fiscal de los esclavos ya no era por cabeza o individuo, sino que se comenzó a usar el término "pieza de indias", como una nueva medida del fisco, que equivalía a siete palmas de altura. Años más tarde, de 1676 a 1679, llegaron a Cartagena entre 150 y 200 personas africanas por año. Estas cifras tan bajas no dan cuenta del número real de personas que fueron transportadas por los holandeses hacia este puerto. Es muy probable que los negocios se hicieran de manera ilícita, como lo demuestra el hecho que a finales del siglo XVII el rey de España ordenara cerrar el río Atrato debido al gran contrabando de esclavizados que se realizaba por la región. De hecho, el nombre del río es una herencia colonial: significa "sin trato", es decir, sin comercio.

El fin de la hegemonía holandesa comenzó en 1692 con la firma de un nuevo asiento entre la Corona española y Bernardo Francisco Marín de Guzmán, mercader de esclavos residenciado en Venezuela. La idea de administrar la trata desde las Indias le dio a España la impresión de recuperar el control de ésta y de frenar el contrabando. El asentista murió antes de terminar el contrato y la Compañía de Cacheo solicitó concesión por los deberes adquiridos. El nuevo contrato se prolongaba hasta 1703. La Compañía debía introducir 30.000 piezas de indias en siete años. Los puertos de recepción oficiales eran Cumaná, Caracas, La Habana, Cartagena, Portobelo, Veracruz y Honduras.

El número de esclavos introducidos por Cartagena entre 1698 y 1702 por la Compañía de Cacheo fue de 9.853, a razón de 2.395 personas por año. Entre 1640 y 1703, Cartagena debió tener aproximadamente el mismo número de personas africanas que Lima y el Perú en ese periodo. Siendo así, se cuantifican 20.000 para Lima y 30.000 para todo el Perú en 1640. Esto, por supuesto, sin tener una idea del orden de magnitud del contrabando holandés.