El presente texto tiene como fin dar cuenta de las dinámicas de transformación de la Educación Superior, surgidas de la interacción con los pueblos indígenas del Centro y Sur de América. Procederemos de la siguiente forma: En primera instancia describiremos la problemática de los pueblos indígenas; posteriormente, presentaremos algunos rasgos de la irrupción de los pueblos indígenas en el escenario de la Educación Superior; luego, propondremos una clasificación de las principales experiencias de educación superior de los pueblos indígenas; a continuación nos referiremos a los retos para la educación superior, desde el dialogo entre ciencia y saberes ancestrales y, finalmente plantearemos algunas conclusiones.