En 2009 inició el PER II, centrado en tres componentes:
1. Mejoramiento de la capacidad de gestión de las secretarías de educación municipales y departamentales.
2. Fortalecimiento de la gestión de las sedes educativas rurales para alcanzar resultados mejores y más equitativos en acceso, terminación y calidad del aprendizaje.
3. Fortalecimiento del Ministerio de Educación Nacional para realizar la coordinación, seguimiento y evaluación del Programa. En el PER II se cualificaron los modelos educativos flexibles de Escuela nueva, Aceleración del Aprendizaje, y Postprimaria, sumado a la elaboración de Secundaria Activa y Caminar en Secundaria. Este último, surgió como resultado de la actualización de Telesecundaria. Los resultados más destacados en esta fase PER II fueron:
- 36 secretarías de educación beneficiadas con el Programa de Educación Rural, con convenio de apoyo y cooperación del Ministerio de Educación Nacional.
- El Programa de Educación Rural intervino en el país en 7.226 sedes educativas del sector rural, de 36 entidades territoriales certificadas y llegó al 72% de los municipios no certificados.
- Se beneficiaron 814.835 estudiantes. Esta intervención se enfocó en el desarrollo e implementación de estrategias de calidad y de cobertura.
- Se implementaron estrategias para mejorar los procesos de calidad educativa, como: Desarrollo Profesional Situado (DPS), fortalecimiento de la lengua extranjera, así como de lectura y escritura.
- Se intervinieron 48 Escuelas Normales Superiores.
- En más del 80% de las sedes de las Entidades Territoriales Certificadas-ETC, recibieron los bienes programados de modelos educativos flexibles y los kits de la estrategia de Desarrollo Profesional Situado.
- 45 entidades territoriales certificadas con asistencia técnica para la formulación de Planes de Educación Rural.
- 14 proyectos educativos comunitarios -PEC- financiados y acompañados, y 26 grupos étnicos beneficiados (19 grupos indígenas y 7 grupos afrodescendientes).
- Se apoyó la formulación, implementación, seguimiento y evaluación de los Proyectos Pedagógicos Productivos -PPP-, con los que se beneficiaron 105 sedes y 97 establecimientos educativos.
- 32 PPP eran agrícolas, 22 pecuarios, 25 agroindustriales y 15 ambientales, con una asignación de recursos por $630.689.728.
